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L'Università degli Studi del Sannio si distingue per una ricerca innovativa e interdisciplinare, orientata a risolvere sfide globali attraverso un forte legame con il territorio. Grazie a un approccio che integra scienze, tecnologia, ingegneria e scienze sociali, UNISANNIO promuove progetti di ricerca avanzati in settori come l'energia sostenibile, l'intelligenza artificiale, la bioinformatica, e la protezione del patrimonio culturale. Con una rete di collaborazioni internazionali e un impegno costante nella formazione di giovani ricercatori, l'università contribuisce attivamente al progresso scientifico e tecnologico, valorizzando al contempo le eccellenze locali. 

La Valutazione della Qualità della Ricerca (VQR) ha fornito risultati estremamente positivi dell’attività di ricerca svolta presso l’Università del Sannio che, seppur Ateneo di dimensioni medio-piccole, ha acquisito nel tempo risultati che la collocano in posizione di vertice sia rispetto ai competitor regionali, sia rispetto alle università nazionali di pari categoria dimensionale.